发酵

1940年，H.A.克雷伯斯提出三羧循环学说以来，柠檬酸的发酵机理逐渐被人们所认识。已经证明，糖质原料生成柠檬酸的生化过程中，由糖变成丙酮酸的过程与酒精发酵相同，亦即通过E-M途径（二磷酸己糖途径）进行酵解。然后丙酮酸进一步氧化脱羧生成乙酰辅酶A，乙酰辅酶A和丙酮酸羧化所生成的草酰乙酸缩合成为柠檬酸并进入三羧循环途径。

柠檬酸是代谢过程中的中间产物。在发酵过程中，当微生物体内的乌头酸水合酶和异柠檬酸脱氢酶活性很低、而柠檬酸合成酶活性很高时，才有利于柠檬酸的大量积累。 

光合细菌法

光合细菌属于一种微生物，在不同的水域都有分布。通常情况下，光合作用都会产生氧气，而这种细菌在光合作用下能够合成营养物质以满足自身需求，并且在光合作用的过程中不产生氧气。光合细菌在水中发挥的作用较大，对于碳、硫等物质的循环有着至关重要的作用。光合细菌体内含有较多的蛋白质，其体内也包含各种维生素，叶酸与酵母相比含量高出很多。除此之外，光合细菌中还含有物质，所以经常在养殖动物的食物中添加光合细菌，进而提高动物的抗病能力。光合细菌处理废水的步骤较为简单，并且使用该方法能够达到很好的效果，不会对水体产生二次污染，处理后的水不含有毒物质，因此处理过的水可以发挥作用，从经济角度来看利用此种方法处理废水产生的成本较低，便于管理。