红曲色素是深紫红色液体或粉末或糊状物，略带异臭，不溶于油脂及非极性溶剂，在pH4.0以下介质中，溶解度降低，易溶于乙醇、丙二醇、丙三醇及它们的水溶液。熔点160-192℃，水溶液最大吸收波长为490土2 nm，乙醇溶液最大吸收波长为470 nm，溶液为薄层时为鲜红色，厚层时带黑褐色并有荧光。对环境pH稳定，几乎不受金属离子（Ca 2+ 、Mg 2+、Fe 2+、Cu 2+）和0.1%过氧化氢、维生素C、亚硫酸钠等氧化剂、还原剂的影响。耐热性及耐酸性强，其醇溶液对紫外线相当稳定，但经阳光直射可使其退色。对蛋白质着色性能极好，一旦染着，即不掉色。

毒性：LD 50为20g/kg（小鼠，经口），7g/kg（小鼠，腹腔注射）。红曲红具有抑菌和杀菌作用，现已证实活性成分中一部分是着色物质。

稳定性：红曲红色素对光不稳定，在光照太阳光、紫外光和可见光等会逐渐分解。在自然光照射条件下，不到14 h，色素的保存率降到50%以下，日光直射下（31～38℃）2 h，色素损失一半，色素乙醇溶液在紫外灯 （15W，距离20 cm）下照射5 h，吸光度未变。