纳他霉素可防止乳酪在成熟时发霉，以限制霉菌毒素的形成。因它很难透入乳酪，只停留在乳酪表面，所以在控制乳酪表面霉菌生长很有优势，而且不影响乳酪的成熟过程。具体的应用方法有三种：1). 0.05%～0.28%纳他霉素喷于乳酪制品的表面2). 把盐渍后的乳酪在0.05%～0.28%浓度悬浮液中浸泡2～4分钟. 3 把 0.05%纳他霉素加到覆盖乳酪的涂层中。

采用浸泡或喷洒肉类食品的方法，使用4mg/cm2 纳他霉素时即可达到安全而又有效的防霉目的。以0.05%~ 0.2% (w/v)浓度的纳他霉素悬浮液浸泡肠衣，或用来浸泡或喷洒已经填好馅料的香肠表面，都可有效地防止香肠表面长霉。烤肉、烤鸭等烤制品、鱼干制品，亦可通过喷洒 0.05%~0.1% (w/v) 浓度纳他霉素悬浮液，延长产品的货架期。